整体共轭分析对事物N进行上述的分析后，还应对事物进行软硬、虚实、潜显、负正的全面分析，以便准确地确定故障和发现潜在的故障。
（1）软硬部的故障分析系统的故障可能发生在硬部也可能发生在软部。如崇左变压器的绝缘故障，可能是由于某部件发生故障，也可能是由于崇左变压器的部件连接部分的异常而使崇左变压器不能正常工作，如油箱封密不佳，调压分接开关传动装置有缺陷等；外部环境的变化，如温度过高、过低等。分析崇左变压器的硬软部的特征及相应的量值，仿照方法建立硬部、软部的故障特征元集，然后计算故障的程度，从而判断故障之所在。
（2）虚实部的故障分析某系统的故障可能发生在实部也可能发生在虚部，如崇左变压器的故障，可能是由于崇左变压器的某个部件（实部）的损坏而产生，也可能是由于崇左变压器内部的杂质（如套管表面过脏，油箱受潮、进水等）而使崇左变压器不能正常工作。故可根据物元的虚实性，首先分析崇左变压器的虚实部特征及相应的量值，然后与正常状态的值比较，从而判断崇左变压器的故障之所在。另外，根据虚实的可转化性，若为虚部引起的故障，及时排除，可避免引起实部故障的发生，从而减小故障发生的程度。
（3）潜显部的故障分析对系统的潜在故障的分析具有特别重要的意义，它可以在故障刚刚发生或未发生时，通过对潜部的特征分析，发现故障隐患，以防止故障的发生或减小故障发生后带来的损失。根据潜显的可转化性，有时显部的较小故障，可能是潜在的较大故障的“前奏”，此时不但排除显部故障，而且排除潜部的可能故障，即可避免较大的损失。
（4）负正部的故障分析某系统关于某特征的故障，可能是由于该特征的正部的原因，也可能是由于该特征的负部原因引起的。如某崇左变压器关于“运转状态”发生故障，可能是由于它的正部―电网发生过电压引起的，也可能是由于它的负部―废气、废料的产生造成的，计算所有的负部的量值，进行检验，即可判断故障之所在。综合判断根据上述分析，结合专业知识，综合判断故障之所在及发生故障的程度，从而可采取相应的措施，使损失降低到最小程度。
